發(fā)酵飼料通過生化反應，有效的把飼料原料分解轉化成葡萄糖和氨基酸，縮短了飼料在動物消化道內的轉化鏈，進而使得飼料中各種有效的成分迅速、有效的被吸收利用，可提高飼料的利用率。發(fā)酵后粗脂肪、有機酸的增加又增加了日糧中的能量，也是提高增重和飼料轉化率的因素。
    發(fā)酵飼料的多種微生物活菌能大量吸收動物難以利用的有機氮、無機氮，使之轉化成為多種菌體蛋白質即蛋白飼料，顯著增加了飼料營養(yǎng)成分，降低了飼料成本。
    飼料在發(fā)酵后，產生天然的酸香味，能刺激動物的食欲，促進消化液的分泌，提高消化酶的活性，加速飼料營養(yǎng)成分的分解，從而促進營養(yǎng)物質的吸收，使得所養(yǎng)魚蝦采食量和采食速度提高。
    由于水產養(yǎng)殖的特殊性，多種有益菌在投放到水體中，通過氧化、氨化、硝化、反硝化以及固氮作用，快速降解水體中積累的大量有機物（如殘余餌料、 養(yǎng)殖動物的排泄物）和動植物殘骸產生的有毒有害氣體（如氨氣、硫化氫等），降解過程中能夠產生的多種直接被水中浮游植物充分利用的無機鹽，水中大量繁殖的 浮游植物又能進一步降解有害物質，改善養(yǎng)殖水體的各項指標，從而凈化水質。促進了魚蝦的生長。水產養(yǎng)殖動物長期生活在水中，受環(huán)境因素的影響較大，接觸到 有害菌的機會也多。在魚蝦腸道內建立一個良性循環(huán)的微生物系統(tǒng)，是抵御病原性感染的有效方式之一。